Departament Przewozów Pasażerskich
Departament Regulacji Rynku
Centrum Egzaminowania i Monitorowania Maszynistów
Departament Techniki i Wyrobów
Departament Planowania i Nadzoru
Departament Monitorowania i Bezpieczeństwa
Biuro Prezesa
Biuro Dyrektora Generalnego
Biuro Teleinformatyki
Biuro Administracyjno-Gospodarcze
Departament Obsługi Prawnej
Oddział Terenowy w Gdańsku
Oddział Terenowy w Katowicach
Oddział Terenowy w Krakowie
Oddział Terenowy w Lublinie
Oddział Terenowy w Poznaniu
Oddział Terenowy w Warszawie
Oddział Terenowy we Wrocławiu
Oddział Terenowy w Szczecinie